Asamblea general
La asamblea General es el máximo órgano de gobierno de la Confederación y está integrada por un representante de cada una de las entidades miembros, incluidas las de carácter provisional y todas las personas que componen la Junta Directiva de la Confederación
Junta directa
Está compuesta por los siguientes miembros:

Miriam Aguilar Aguado

Eugenio Sánchez Redondo

Pilar Fernández

Mª Asunción Berrojo

Mª Jesús Delgado

Elena Verdeja

Antonio Morete
Comité de ética
El comité de ética tiene carácter independiente y consultivo compuesto por profesionales en ejercicio ajenos al ámbito de la organización designada por la Junta Directiva con las competencias de velar porque las actuaciones de la propia Confederación así como las de sus entidades miembros sean éticas, no irregulares y lícitas.
Órgano de control financiero
Los miembros del Órgano de control financiero de COCEMFECYL son tres personas designadas por la Asamblea General Ordinaria cuya duración máxima del cargo será de cuatro años y será incompatible con el cargo de miembro de Junta Directiva.
Las funciones de dicho órgano son: